El 4 de julio de 1958 fue nombrado por Pío XII Obispo Auxiliar de Cracovia.
Llevaba algo menos de 12 años de sacerdocio y “había quedado impresionado por la coincidencia de fechas: el nombramiento me fue notificado el 4 de julio, día de la consagración de la catedral de Wawel…particular vínculo espiritual con la historia de Polonia, de la cual la colina del Wawel representa casi una síntesis emblemática….donde uno se encuentra cara a cara con la Nación” y donde en la cripta de San Leonardo el 2 de noviembre de 1946 celebró su primera misa.
Algunos meses más tarde, el 28 de septiembre de 1958, recibía allí la ordenación episcopal de manos del Arzobispo Eugeniusz Baziak
En 1960, siendo todavía obispo auxiliar, Wojtyla tomó sobre sí la defensa de los obreros siderúrgicos que querían construir una iglesia en Nowa Huta.
En la Navidad de 1959, enfrentandose con el poder comunista, celebra una misa del Gallo al aire libre.
Esta ciudad, próxima a Cracovia (la Roma polaca), se había desarrollado después de la guerra y se la consideraba la primera ciudad socialista de Polonia.
No habían querido dejar sitio en ella para una iglesia. ¡Importa poco! Wojtyla trajo un trozo de roca de Roma: ésta fue la primera piedra de la catedral que inauguró allí en 1977.
Vive de forma sobria y dedicado a su labor pastoral y docente, como cuando era sacerdote
Su habitación en Franciszkanska 3
Ya en esa época le gusta estar en contacto con sus semejantes y deja su despacho para recorrer la Archidiocesis visitando hospitales y parroquias.
A partir del 11 de octubre de 1962, el obispo Wojtyla comenzó a tomar parte activa en el Concilio Vaticano II, destacando sus puntualizaciones sobre el ateísmo moderno y la libertad religiosa.
El evento más destacado de los años 60 para el Obispo Wojtyla fue el Concilio Vaticano Segundo.
Asistió a todas sus sesiones que empezaron en octubre de 1962.
En julio el Arzobispo Baziak de Cracovia había fallecido.
La Sede se mantuvo vacante desde el inicio del Concilio hasta la culminación de la primera sesión (11 oct - 8 dic).
Luego, el 30 de diciembre de 1962, el Obispo Wojtyla fue asignado a esta Sede por el Papa Juan XXIII. Sin embargo, debido a la situación de Polonia bajo el comunismo no fue posible nombrarlo oficialmente hasta enero de 1964 (por entonces a través del Papa Pablo VI).
No se instaló hasta el 8 de marzo de 1964.
Durante el curso de tres años del Concilio, el futuro Papa participó activamente en los debates y en la formulación de los decretos. Estuvo en la comisión de diseño para la Constitución Pastoral sobre la Iglesia en el Mundo Moderno Gaudium et spes
y también contribuyó a la Declaración sobre la Libertad Religiosa Dignitatis humanae y al Decreto sobre los Instrumentos de las Comunicaciones Sociales Inter mirifica. Al regresar a su arquidiócesis se propuso implementar los decretos.
Uno de los frutos de este esfuerzo fue un libro acerca de los documentos del Concilio y su implementación, llamado "Fuentes de Renovación". Publicado en 1972, es el único libro sobre el tema publicado por un obispo participante del Concilio Vaticano Segundo.
Dos instituciones que surgieron a raíz del Concilio fueron el Sínodo de los Obispos y las Conferencias Episcopales.
y también contribuyó a la Declaración sobre la Libertad Religiosa Dignitatis humanae y al Decreto sobre los Instrumentos de las Comunicaciones Sociales Inter mirifica. Al regresar a su arquidiócesis se propuso implementar los decretos.
Uno de los frutos de este esfuerzo fue un libro acerca de los documentos del Concilio y su implementación, llamado "Fuentes de Renovación". Publicado en 1972, es el único libro sobre el tema publicado por un obispo participante del Concilio Vaticano Segundo.
Dos instituciones que surgieron a raíz del Concilio fueron el Sínodo de los Obispos y las Conferencias Episcopales.
Elige para su escudo la frase latina
TOTUS TUUS TODO TUYO
TOTUS TUUS TODO TUYO
lema que años después sería conocido y coreado por todo el mundo
En su consagración se encuentra con sus amigos:
Compañeros de teatro, de la cantera y fabrica
Ferigreses de Niegovic y de san Froilán-
Tras el Concilio publicó “Amor y responsabilidad” y “Mandamientos de la renovación del Concilio Vaticano II”.
Esta interesante fotografía de hace casi medio siglo, muestra al beato Juan Pablo PP. II, obispo Karol Wojtyla cuando fue tomada en 1967, oficiando la liturgia tradicional durante una visita a la iglesia parroquial de San Andrés Apóstol, en Cracovia (Polonia)
En su libro "¡ Levantaos! ¡Vamos!" dice:
Es hermoso lo que significa la cruz pectoral.
“¡Cruz de Cristo, te alabo, que por siempre se te alabe! De ti viene el poder y la fuerza, en ti está nuestra victoria” Nunca me he puesto la cruz pectoral de obispo con indiferencia.
Su oficina
Es un gesto que hago con la oración. Desde hace 45 años, la cruz está siempre sobre mi pecho, junto a mi corazón. Amar la cruz quiere decir amar el sacrificio” Así nos lo enseñó con el ejemplo de su vida, el don de su palabra, con su magisterio.
El 29 de mayo de 1967, el Papa lo nombró Cardenal, elevándolo a tal honor el 28 de junio.