Su decisión es firme: quiere ser sacerdote.
Su vocación suponía renunciar a su amor por las letras pero a cambio va a encontrar la Palabra de Dios que llenaría su vida y después la comunicaria a todos los hombres
El arzobispo Adan-Stephan Sapieha
le acepta inmediatamente en el seminario clandestino organizado por él, en Cracovia
Cada seminarista vivía en su casa y con su familia. Para que los seminaristas tuvieran la máxima seguridad, las clases cambiaban frecuentemente de sitio, consiguiendo de este modo que fuera más difícil, aunque no imposible, su localización.
Karol seguía inmerso en trabajo, seguía en la fabrica, y en el estudio: latín, filosofía, teología... y los pocos momentos de descanso, subía a los bosques en compañía de sus viejos amigos.
Nada había cambiado y sólo sus amigos íntimos conocían su pertenencia al seminario clandestino.
En el verano del 44 la situación empeora en Cracovia, los registros son diario. Karol es consciente de que figura en las listas de la Gestapo, sus compañeros de la fabrica le advierten y tiene que vivir escondido.
Ir a trabajar era un gran peligro, su amigo Kulakowski de la fabrica Solvay, borra su ficha de la fabrica.
Los últimos meses de la guerra vive escondido, con seis seminaristas más, en el sótano del edificio del Arzobispado, el arzobispo sabe que sus vidas corrían peligro.
El 1945 la guerra termina y Rusia impone su dictadura en Polonia. En un periódico escriben oponiéndose a las ideas del régimen un sacerdote, Stefan Wyszynski y un seminarista, Karol Wojtyla.
Karol, después de casi cinco años de trabajos, decidió dejar la fabrica para dedicarse exclusivamente a sus estudios eclesiásticos. Para sobrevivir, daba clases y escribía en revistas clandestinas católicas.
El arzobispo Sapieha, necesita sacerdotes, han muerto muchos, y decide adelantar las ordenaciones de sacerdotes.
El 1 de noviembre, día de Todos los Santos, de 1946, en la Capilla del Palacio Arzobispal de Cracovia, se celebra la ordenación de Karol Wojtyla.
Al día siguiente, Karol celebra su primera misa en la Cripta de San Leonardo en la catedral de Wawel. El padre Figlewicz le ayudó a oficiarla.
Fue, sin duda, el día más feliz y más importante de su vida, le faltaban sus seres queridos pero no se sentía solo, sus amigos, sus compañeros de la fabrica, sus compañeros del instituto que habían sobrevivido a la guerra, algunos vecinos de Wadowice y sus compañeros de teatro. Un grupo de personas que les considera una verdadera familia.
El día 3 de noviembre, la misa la celebra en la iglesia de su barrio de Cracovia, donde siempre iba con su padre a rezar. Los compañeros de la cantera y de la fabrica que estaban presente le regalan una sotana.
Y por último, su pueblo tan querido, y donde tantas veces rezó ante su altar y donde había recibido el Bautismo y la Confirmación.